MTSN 5 Kerinci pertama kali berdiri pada tahun 1986 dengan nama MTS Pendung Tengah Kerinci. Dahulunya, MTSN Pendung Tengah Kerinci ini merupakan madrasah tsanawiyah swasta, yang beralamat di Desa Pendung Tengah Penawar Kecamatan Sitinjau Laut, Kabupaten Kerinci. Kemudian madrasah ini dinegerikan pada tahun 1993.

Setelah berganti status menjadi madarasah tsanawiyah negeri, pemerintah membangun gedung sekolah baru yang berada di Jalan Bukit Tiung, Desa Penawar Tinggi, Kecamatan Sitinjau Laut Kabupaten Kerinci Provinsi Jambi dengan kode pos  37171. MTSN 5 Kerinci memiliki nomor statistik madrasah, yakni 121115010005 dan nomor satuan kerja 553785.